Mit der Gründung im Jahr 1868 zählt Zeno zu den alteingesessenen Uhrenfabrikanten in der Schweiz. Das Unternehmen wurde von Uhrmacher Jules Godat zunächst als Godat & Co. in La Chaux-de-Fonds gegründet und spezialisierte sich gleich nach der Gründung auf Taschenuhren für Eisenbahnbedienstete.
Im Jahr 1920 wurde die Uhrenfabrikation von Godat durch André-Charles Eigeldinger und sein Unternehmen Ebosa SA übernommen. Damit endete die Produktion der Eisenbahner-Uhren und das Unternehmen spezialisierte sich nun auf die Herstellung von Beobachtungsuhren, zum Beispiel für militärische Zwecke, sowie Taschenuhren und Rechenschieber. Zwei Jahre nach der Übernahme ließ sich der neue Eigentümer den Markennamen Zeno urheberrechtlich schützen. Der Name geht auf den gleichnamigen griechischen Philosophen zurück.
Die ersten Armbanduhren von Zeno wurden nach Ende des Ersten Weltkriegs gefertigt, auch diese waren jedoch überwiegend für das Militär vorgesehen. Erst später kamen auch Armbanduhren für die Zivilbevölkerung auf den Markt.
Neben den Uhrenmodellen für die Masse das Unternehmen von Anfang an die Tradition bei, sich auf kleine Nischen zu spezialisieren. So fertigte man beispielsweise ab Ende der 40er-Jahre mechanische Digitaluhren mit „springenden Stunden“ sowie spezielle Uhrenmodelle für Krankenschwestern.
In den 60er-Jahren schließlich übernahm der Basler Felix W. Huber die Leitung des Konzerns und verlegte die Uhrenmontage in die Stadt Basel. Ab diesem Zeitpunkt begann Zeno auch mit der Konzeption und Fertigung von Taucheruhren. Das erste Modell dieser Art war eine Vakuum-Taucheruhr mit der Bezeichnung „Kompressor“, von der allerdings nur wenige Exemplare hergestellt wurden. Der erste größere Erfolg im Bereich der Taucheruhren gelang Zeno Watches schließlich in den 1970er-Jahren mit der Vorstellung der neuen Taucheruhren-Kollektion namens Spaceman. Allein von dieser Kollektion wurden rund eine Million Uhren gefertigt.
In den 70er- und 80er-Jahren eröffnete Zeno zahlreiche neue Standorte in der Schweiz, da das Unternehmen in Basel nicht genügend fähige Uhrmacher finden konnte.
Aktuell fertigt Zeno Watches etwa 40.000 Uhren pro Jahr und gehört damit zu den kleineren Uhrenherstellern in der Schweiz. Dabei ist die gestaltungs- und fertigungstechnische Unabhängigkeit immer eine Maxime des Unternehmens geblieben, nicht die industrielle Massenproduktion. In den letzten Jahrzehnten übernahm Zeno zahlreiche weitere Uhrenmarken aus der Schweiz, unter anderem Josmar, Corona, Empire, Le Clip, Helveco und Imhof.
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